No final do século XVII e início do século XVIII, a descoberta de riquíssimas lavras de ouro e diamantes atraem um grande número de aventureiros para a região das minas, principalmente paulistas e portugueses. Por volta de 1700, portugueses se fixam na Vila Real de Queluz (hoje município de Conselheiro Lafaiete). Dali, alguns deles sairiam em busca de novos veios de metais preciosos. Nas suas andanças, iam fundando arraiais. Assim teria nascido o arraial de Congonhas do Campo. Uma outra versão diz que a cidade foi fundada por um grupo de mineradores que fugiam da crise da fome que atingia de Ouro Preto, causada pelo aumento absurdo da população. Há ainda os que dizem que escravos fugitivos é que chegaram primeiro naquelas bandas.

De qualquer forma, o que se sabe é que o arraial de Congonhas do Campo surgiu em 1734 com a descoberta de ouro no leito do rio Maranhão e proximidades. O nome dado ao lugar tem origens nas palavras tupi-guarani "Kõ" e "Gõi" e refere-se a uma erva-mate muito comum na região, significando "o que sustenta e alimenta".

Inicialmente, a população foi se organizando no lado direito do rio Maranhão e levantando suas igrejas. A mais antiga delas é a Igreja de Nossa Senhora do Rosário, construída por escravos no final do século XVII, antes dos mineradores chegarem à região. Em 1749, começa a ser erguida a Matriz de Nossa Senhora da Conceição.

A construção do majestoso Santuário do Senhor Bom Jesus do Matozinhos teve início em 1757, numa colina de nome Alto Maranhão, e deflagrou a ocupação da margem esquerda do rio. A iniciativa partiu do português Feliciano Mendes, devoto do Bom Jesus, que ergueu a igreja em pagamento a uma promessa. Os artistas mais destacados da época, como Antônio Francisco Lisboa, o Aleijadinho, e Manoel da Costa Ataíde, emprestaram sua genialidade às obras. Além da igreja, 12 profetas em pedra sabão e 64 esculturas em tamanho natural, representando os Passos da Paixão de Cristo, foram esculpidas por Aleijadinho e policromadas pelo mestre Ataíde. Em 1985, o conjunto arquitetônico e escultórico do Santuário foi elevado pela Unesco a Monumento Mundial e Patrimônio Histórico da Humanidade.

A construção do Santuário só foi possível com doações da população, que prosperava com a extração do ouro. Em 1746, uma lista secreta com as maiores fortunas da Capitania, incluía dez moradores do arraial de Congonhas do Campo, todos mineradores. Entre as lavras mais ricas, estava a do Batateiro, chamada assim pelo tamanho de suas pepitas de ouro.

O esgotamento das minas marcou o início da decadência do lugar. O marasmo econômico só tinha algum alívio uma vez por ano, em setembro, na semana do Jubileu do Senhor Bom Jesus do Matozinhos, quando milhares de romeiros cheios de fé passavam pela cidade - o que acontece até hoje. Trata-se do maior programa de peregrinação religiosa de Minas Gerais, realizado há mais de 200 anos. Com o comércio improvisado das barraquinhas de rua, o movimento das pequenas pensões e restaurantes, algumas famílias conseguiam a renda para passar o resto do ano.

Até fins da década de 30, Congonhas do Campo era dividida pelo rio Maranhão. A margem direita pertencia a Ouro Preto e o lado direito era subordinado a Queluz de Minas. Em 1923, a população consegue a unificação dos dois distritos, graças às negociação que levaram Ouro Preto a ceder sua parte para Queluz. Era o primeiro passo para a emancipação do município, estabelecida pelo decreto de 17 de dezembro de 1938.

Depois da Segunda Guerra Mundial, a exploração do minério de ferro renova a economia local e a população chega a 40.000 habitantes. Grandes empresas mineradoras colocam hoje a cidade entre as maiores arrecadações do Estado de Minas Gerais.