A cidade de Embu tem suas origens na antiga aldeia M'Boy, criada pelos padres da Companhia de Jesus na primeira metade do século XVII. M'Boy, Boy, Bohi, Bohu, Emboi, Alboy, Embohu. Diversas grafias foram registradas por Sérgio Buarque de Holanda para a palavra indígena que nomeava a extensa região onde surgiu a aldeia. Diz a lenda que o nome M'Boy - cobra em tupi-guarani - foi dado para homenagear um índio que salvara da morte o padre Belchior de Pontes, figura fundamental na história da aldeia. Pouco depois, o índio morreu picado e envolvido por uma grande serpente. Segundo Leonardo Arroyo, o termo M'Boy vem de Mbeîu, que significa cousa penhascosa, agrupamento de montes, coisa em cachos ou cacheados.

De qualquer modo, era nessas terras montanhosas, que ficava a fazenda de Fernão Dias Pais - tio do famoso bandeirante caçador de esmeraldas - e Catarina Camacho, sua mulher. Em 24 de janeiro de 1624, o casal doou a propriedade aos jesuítas, incluindo os muitos índios que aldeara em torno da sede. Duas condições foram impostas por Catarina Camacho para efetivar a doação: o culto ao Santo Crucifixo e a festa de Nossa Senhora do Rosário, a quem a pequena capela da fazenda era dedicada.

A doação era bem conveniente aos jesuítas, que, atacados por índios na aldeia de Maniçoba, próxima de Piratininga (vila que deu origem à cidade de São Paulo), procuravam um lugar mais seguro para prosseguir com sua missão de catequizar o gentio. A nova aldeia, além de estar mais afastada do núcleo de Piratininga, ficava na confluência dos caminhos que levavam ao mar e ao sertão, um ponto estratégico.

Uma vez instalados, os padres iniciaram o trabalho de catequese dentro dos moldes de outros aldeamentos jesuíticos. O princípio básico era fixar os índios em torno das igrejas e colégios, protegendo-os da escravidão. Em troca, o gentio tinha que se submeter à nova disciplina que, na maior parte das vezes, entrava em choque direto com a cultura indígena. Além de se adequar à moral religiosa católica, que permitia um único casamento, os índios transformavam-se em agricultores sedentários.

Talvez por problemas de adaptação dos indígenas ao novo modo de vida, no fim do século XVII e início do XVIII, o padre Belchior de Pontes, então diretor da aldeia, resolve mudá-la para outro lugar não muito distante. Segundo relata o padre Manuel Fonseca no livro 'A Vida do Venerável Padre Belchior de Pontes', a nova aldeia ficava assentada num plano cercado de riachos que produziam peixes miúdos em tal quantidade, que podiam ajudar muito a sustentação dos índios. No novo local, o padre Belchior de Pontes ergueu também uma nova igreja, maior que a anterior, conservando a invocação a Nossa Senhora do Rosário.

Em meados do século XVIII, a aldeia contava com 261 índios e apresentava sinais de prosperidade, destacando-se entre as demais. Já havia sido construída a residência dos jesuítas, com ajuda dos índios. Além da mandioca, trigo e legumes, produzia-se algodão, que era fiado e tecido ali mesmo pelas índias. Há registros de exportações para Rio de Janeiro e Bahia em 1757. Uma outra peculiaridade da aldeia era a existência de uma banda de música, bastante respeitada na região. Composta de índios guaranis, que dedicavam duas horas da manhã e duas horas da tarde aos ensaios, a corporação musical participava de missas e procissões, se apresentando em localidades próximas.

Em 1760, os jesuítas foram expulsos do Brasil por ordem do Marquês de Pombal e a igreja do Embu passou para os cuidados do clero diocesano. A população indígena começou a se dispersar e, em 1873, restavam apenas 75 índios e mestiços habitando o lugar.

Desde o início do século XIX, a aldeia já estava em franca decadência. Permaneceu na obscuridade até nos anos 20 deste século, quando Duarte Leopoldo e Silva determinou a primeira recuperação da igreja. Em 1939 e 1940, o conjunto jesuítico - que compreende a Igreja Nossa Senhora do Rosário e a residência dos jesuítas - foi considerado Patrimônio Nacional e restaurado pelo SPHAN (atual IPHAN - Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional).