A enseada de 'mui larga entrada' escolhida como um porto seguro para abrigar as embarcações da esquadra portuguesa, em 1500, era a Baía Cabrália, situada no que hoje é o município de Santa Cruz Cabrália. No ilhéu de Coroa Vermelha foi rezada a primeira missa no Brasil, pelo Frei Henrique Soares, no dia 26 de abril, um domingo de Páscoa. E naquela praia, próximo à foz do rio Mutari, onde se travaram os primeiros contatos entre os portugueses e os pacíficos e belos índios tupiniquins, ergueu-se a cruz com as armas e as divisas de Portugal, simbolizando a posse das terras descobertas.

Não muito longe dali, surgiria a primitiva aldeia de Santa Cruz, no sopé do Outeiro da Glória, onde foi construída a primeira igreja do Brasil por dois frades franciscanos. A partir deste núcleo inicial, se desenvolveria a Capitania de Porto Seguro, criada em 1534. O primeiro donatário, Pero de Campos Tourinho, ao tomar posse de sua sesmaria, determinou a fundação da Vila de Nossa Senhora dos Remédios, atual cidade alta de Porto Seguro, que seria a sede da capitania. Além disso, ordenou a transferência da aldeia de Santa Cruz para uma elevação próxima à foz do rio Sernampetiba ou rio João de Tiba. Esta medida foi tomada diante dos constantes ataques dos índios aimoré à aldeia. A nova localização foi escolhida por ser mais segura 'ou mais sadia e acomodada para os moradores viveram', segundo o relato de Gabriel Soares. Nas margens daquele rio, não se sabe muito bem como, já havia um morador desde 1530: o português João de Tiba que acabou emprestando seu nome àquele curso d'água. No entanto, mesmo num local protegido, de um lado, pelo rio e, do outro, pela própria elevação de cerca de 40 metros, a aldeia continuou a ser atacada pelos índios. Alguns historiadores afirmam que essa foi a razão da povoação não ter se desenvolvido como a de Porto Seguro.

Até 1833, a vila de Santa Cruz foi politicamente subordinada a Porto Seguro. Por isso, sua história acaba se confundindo, em boa parte, com a do município vizinho, que era a sede da capitania. A economia da região teve um desenvolvimento débil, do início do século XVII até meados do XVIII. A pesca da garoupa na barra de Santa Cruz era a principal atividade no final daquele século, ao lado do cultivo de mandioca e legumes. Em 1888, assinalava-se ainda a extração de piaçava e da madeira. No início deste século há uma crise profunda, que culminou com a perda da autonomia do município entre 1931 e 1933.

A partir de 1972, com a conclusão da BR 101 e a construção da estrada ligando Porto Seguro a Santa Cruz Cabrália, as belas praias da cidade, cenário do descobrimento, começam a atrair turistas - o anúncio de um período de renascimento. Em 29 de janeiro de 1981, o núcleo histórico de Santa Cruz Cabrália é tombado pelo SPHAN como Patrimônio Histórico, Cultural e Paisagístico.